マドリアンパインオークウッドランズの森林に対する主な脅威は伐採です。 松や、程度は少ないがオークの材木への利用が増加し、一部の地域では無差別になっています。 さらに、多くの非木材林産物も持続不可能に使用されています。 たとえば、血管着生植物（ティランジアのusneoides）は、メキシコではクリスマスの観賞用に抽出され、パインオークの森では、属の種を含む多種多様なキノコが抽出されます。 アマニータ, ヤマイグチ, ラスラ, ポルチーニ、料理用に収集されます。
火事はこの生態系の一部自然なプロセスですが、家畜の放牧のための新鮮な芽の再生を促進するため、または農業目的のために土地を開墾するための意図的な燃焼は、地域全体の生息地を変えています。 アリゾナ州南部では、連邦および州の機関による90年間の消火と、放牧やその他の原因による燃料の変更により、高地の針葉樹林が、成長したポンデローサマツから変化しています（ポンデローサマツ）混合針葉樹の密集した林分に。
ホットスポットの断片化された性質により、元の植生が無傷のまま残っている量の信頼できる推定値に到達することは困難です。 パインオークの森はかつてメキシコの約21％を覆っていましたが、これらの残りの森は現在約8％しか覆っていません。 ただし、このような推定では、火災や過剰放牧の影響を受けた林分を考慮に入れていないため、ホットスポットの元の植生の約20％しか手付かずと見なすことができないと予想するのが妥当と思われます。