日本人の人口の多くは国のごくわずかな割合（土地の70パーセントで約20パーセント）に住んでいるため、日本の残りの地域の多くはかなり未開発です。 それにもかかわらず、国の元の植生の約XNUMXパーセントだけが無傷のままであると考えられています。
第二次世界大戦後、日本の林業庁は高地の針葉樹林の皆伐を推進し、杉などの日本の材木種に置き換えました。スギ）とからまつ（カラマツ）。 今日、日本ではプランテーションが広まっています。 しかし、他の多くのホットスポットとは異なり、日本の残りの森林は、他の国からの安価な輸入品に比べて日本の木材のコストが高いため、伐採による脅威の高まりに直面していません。
一方、日本の豊かさと余暇への関心の高まりは、自然環境に異なるタイプの負担をかけています。 スキーリゾートやゴルフコースの森林が伐採され、自動車の着実な増加と公共交通機関ではなく民間交通機関を利用したいという要望の高まりに対応するために、より多くの道路が建設されています。 さらに、新幹線などの公共交通機関の改善により、かつては人里離れた、発展途上の国の地域への旅行がさらに容易になりました。
沿岸地域と湿地も開発、主に農業の拡大、河川の水路化、道路建設のために失われつつあります。 北海道では、タンチョウの営巣に恵まれた湿地が、農業の拡大、河川の水路化、道路建設などの開発のために失われ続けています。
本島と同様に、琉球列島と小笠原群島の小さな島々は、植林と都市開発のために生息地を失っています。 小笠原群島の元々の亜熱帯林はほぼすべて伐採されており、琉球諸島では、奄美と沖縄の保護区を中心に小さな地域しか残っていません。
最後に、侵略的な外来植物や動物は、日本の在来の動植物に脅威をもたらします。 ハイイロマングースを含むこれらの種のいくつか （Herpestes edwardsi）、ジャワマングース（H.ジャバニカス）とシベリアイタチ（ムステラシビリカ）ヘビ駆除の目的で導入されましたが、代わりに多くの在来鳥や小型哺乳類の大幅な衰退を引き起こしました。 導入されたヤギはいくつかの島で問題であり、オオクチバス（Micropterussalmoides）ホットスポット全体の在来魚に深刻な脅威をもたらします。