明らかに遠隔地にあり、アクセスできないにもかかわらず、ヒマラヤは人間が引き起こした生物多様性の喪失を免れていません。 人々は何千年もの間ヒマラヤの山に住んでいましたが、ここ数十年で、世界市場へのより大きなアクセスがこの地域の天然資源の需要を増加させました。 その結果、人口は最も生産性の高い生態系で成長しており、生物多様性が最も豊富な生態系の一部でもあります。
今日、ヒマラヤに残っている自然の生息地はまだらです。 ホットスポットの人口が着実に増加しているため、耕作のために森林や草地が広範に伐採され、伐採が広まっています。 非常に急な斜面では、合法伐採と違法伐採の両方が頻繁に発生し、深刻な侵食が発生します。
モンスーンにさらされる斜面での栽培の上限は一般に約2,100メートルですが、大麦、ジャガイモ、ソバなどの作物は、内谷やトランスモンタン地域、およびジュムラ、カシミール、ラホールなどの一部の地域で高地で栽培されています。ラダックには、この標高をはるかに超える主要な農業ベースの人口密集地があります。 土地はまた、家畜のために夏の数ヶ月にしばしば開墾されます。 火が制御不能に広がることがあるため、土地を開墾するために火を使用することは、森林の土地に追加の脅威をもたらします。
森林と草地を農業と居住地に転換することで、ネパール、インドのシッキム州、ダージリン州、アッサム州で大規模な森林破壊と生息地の分断化が発生しました。
ホットスポットに残っている生息地の広い領域は非常に劣化しています。 低地や高山の生態系では、牛や家畜を含む家畜による過剰放牧が蔓延しています。 壊れやすい高山草原の植物相は、伝統医学のために乱獲されてきました（薬用植物の収集家は常に植物全体を根こそぎにするため、再成長は妨げられます）。
国内消費と輸出の両方のための薪の収集と非木材林産物の抽出は、いくつかの森林生態系に深刻な被害を与えています。 計画外で管理が不十分な観光は、環境の悪化につながっています。 多くの場合、反乱の形での政情不安も、一部の保護地域の完全性を脅かしています。
生息地の喪失と劣化に加えて、密猟は絶滅危惧種のトラ（パンテーラチグリス）および脆弱な大きな一角サイ（ユニコーン）脆弱なユキヒョウ（パンテーラウンシア）と絶滅危惧種のレッサーパンダ（アイルーラス・フルゲンス）彼らの美しい毛皮が求められています。
生物多様性と森林の完全性に対する他の脅威には、鉱業、道路と大きなダムの建設、農薬による汚染が含まれます。
以前の東ヒマラヤホットスポット（現在はヒマラヤとインド-ビルマのホットスポットの一部）での生物多様性への脅威については、 生態系プロファイル （PDF-3.4MB）。