この生物多様性ホットスポットの北部、クイーンズランド熱帯熱帯雨林エコリージョン内では、主な脅威には侵入種や生息地の分断化が含まれますが、現在、湿潤熱帯地域の世界遺産地域ではかなりの地域が保護されています。

道路や電力線の建設による森林パッチ内の断片化も、侵略的外来種の拡散を増加させ、火災の侵入を促進します。 フィトフトラ・シンナモミ、非常に侵略的な土壌伝染性の水カビは、いくつかの場所で重大な熱帯雨林の立ち枯れをもたらしました。 農業流出による汚染は追加の脅威です。

人間への影響は、オーストラリア東部温帯樹林エコリージョン内のさらに南にあります。 ホットスポットのこの部分では人口密度が高く、主要な脅威は、都市開発のための在来植物の継続的な伐採、外来種、火災体制の変更、水質汚染、および水利用計画に関連しています。

ホットスポット全体の保護地域内の脅威には、観光、火災体制の変更、下水処理、侵入植物や動物が含まれます。 両生類に対する特定の脅威には、カエルツボカビ症が含まれます。これは、最近の多くの種の絶滅の原因として示唆されており、1990年代にクイーンズランド州の両生類に対する主要な脅威として最初に検出されました。